Что касается альтернативной методики, то я предложил как ее можно проверить. Если действительно есть интерес, получится ли тоже самое, то это в Ваших силах.
Я, честно говоря, из Ваших слов ничего не понял.

Сделал по методике от Альтеры по документу, что здесь выложил: вместо выходного файла .pof задал собрать общий .rbf из двух .sof. Посмотрел WinHEXом, действительно, это два отдельных .rbf, тупо слепленных в один файл (смотрел начальные и конечные несколько байт).
По режиму PassiveSerial у нас на сайте есть небольшие пояснения -
https://startmilandr.ru/doku.php/doc:mk:5576rs1u
Там не схеме видно какие сигналы участвуют в загрузке ПЛИС, выбора ПЛИС там нет. Т.е. микросхема РС1 просто выдает наружу поток бит из того бинарного файла, что был в нее прошит, не зная сколько ПЛИС висят на серийном выводе.
Благодарю, что-то начинает проясняться.
На сколько понимаю, вообще нет штатного способа получить pof из rbf файла даже у Quartus. Все доступные утилиты - это частные наработки, которые позволяют бинарный файл как-то подсунуть в Quartus, чтобы можно было осуществить прошивку штатными средствами Quartus. Если же изначально разрабатывать две прошивки в самом Quartus, то штатный способ должен быть. Проблемы возникают, когда в Quartus подсовывается что-то не родное.
Я и не понимаю зачем искусственно создавать промежуточные файлы .rbf, которые потом не используются, если можно Квартусом сразу создать .pof из нескольких .sof.
Вообще, когда стал работать с отечественной 5576ХС1, ещё до того, как наша контора купила отладочный комплект, изучал и здешний форум, и Электроникс, и не мог понять чем таки прошивать надо, как приготовить файл прошивки. Наконец надо мной сжалились и сказали "шей обычным .pof и всё будет работать, не надо ничего никуда преобразовывать". Попробовал - понравилось! Потом уже подошла отладочная плата, где это всё было написано.
Может и здесь так же, не надо накручивать себя и мудрствовать...